כריש זה נידוג לשימושים מסחריים, כולל בשר למאכל, הפקת שמן, וסנפירים למרק כרישים. הוא נחשב לאחד הכרישים המועדפים למאכל, וחווה לחץ דיג גבוה בכל העולם ועד לתחילת האכיפה גם בישראל. כמין גדול המתרבה לאט, קצב הדיג שלו גרם לקריסת אוכלוסיות, והוא נחשב למין בסיכון גבוה מאוד, במיוחד בצפון האוקיינוס האטלנטי ובים התיכון. מאמצי שימור שונים באירופה מכוונים לאפס צריכה של מין זה מתוך התפישה שבעקבות אסטרטגיית החיים של המין, ללא עצירה מוחלטת של הדיג שלו האוכלוסיות לא יצליחו להשתקם .

בישראל עמלצים כחולים נתפסים במערכי קרסים צפים ובדיג חכות מסירות, הן בים התיכון והן בים סוף. בים התיכון נתפסים באביב גורי עמלץ כחול לרוב עד אורך מטר. בגלל מבנה פיו וגופו, לא ניתן לשחרר את הקרס בביטחה לכריש ולדייג ולכן יש לחתוך את החוט בקרבת הפה ולשחררו עם הקרס. שימוש בקרסים עגולים יקטינו את הסיכוי לתפיסה וישפרו את הסיכוי לנפילת הקרס. כמו כן, חשוב לא לדוג עם קרסים אל-חלד שאינם מתכלים ומתפרקים.

למרות שהעמלץ הכחול אינו נחשב למסוכן לבני אדם, תועדו מקרים של תאונות עם מין זה. בים סוף נצפים ונתפסים מדי פעם עמלצים כחולים בוגרים. ב2017 עמלץ כחול בוגר נתפס בחוטים של גולש קייט באילת. הגולש הצליח לעלות לסירה ממנה יצא ולשחרר את הכריש מהחוטים.

ב2021 מדריך גלישה מעקבה נפצע בכף רגלו כאשר עמלץ כחול צעיר זינק מהמים לכיוון רגלו. הגולש דפק על פני המים על רגליו כדי למשוך דגים ונראה שהעמלץ הצעיר ציפה לארוחה קלה. בסופו של האירוע התברר כי הכריש לא סגר את פיו והגולש נפצע ממפגש עם השיניים החדות והיה זקוק לתפרים רבים. עם זאת, באמצעי התקשורת נכתב כי הרגל נכרתה בתקיפת כריש בים סוף.