מפגשים עם מין זה נחשבים לחוויה מרגשת עבור צוללים ושחיינים. הטחן העינוני אינו מהווה איום על בני אדם, למרות הקוצים הקיימים בבסיס זנבו, אך כמו כל חיית בר גדולה, יש לשמור על מרחק מכבד ולא לרדוף אחריו.

במקומות מסוימים בעולם, הטחן העינוני נידוג גם באופן מכוון לצורך שימוש בלוחיות הזימים שלו לקישוט ובשרו למאכל, והוא מהווה שלל לוואי נפוץ בדיג ברחבי תפוצתו.

בהתחשב ברמת הדיג האינטנסיבי והבלתי מנוהל ברוב תחום תפוצתו, בירידות מתועדות במגמות השלל, וכן בצמצום ניכר באוכלוסיותיו במספר אזורים, מוערך כי אוכלוסיית הטחן העינוני פחתה ב-50–79% בשלושת הדורות האחרונים (39 שנים). פעילויות דיג אלו, יחד עם אובדן בתי גידול וזיהום, מאיימים על הישרדותו ולפיכך, המין מסווג כמצוי בסכנת הכחדה.

החוף הצפוני באילת נמצא כאזור חשוב לרבייה של הטחן העינוני והוכרז על ידי ארגון שימור הטבע העולמי (IUCN) כאזור חשוב לכרישים ובטאים (ISRA).