כמו מרבית דגי הסחוס, האיום העיקרי על המנטה הענק הוא דיג יתר. מנטות נתפסות הן בדיג מסחרי והן בדיג מסורתי, לצורך שימוש בבשרן, בשמן הדגים, ובשנים האחרונות במיוחד בקשתות הזימים שלהן, המשווקות כאמצעי ברפואה מסורתית באסיה – למרות שאין להן אזכור ברפואת הצמחים ההיסטורית.

מצד שני, מנטות ענק הן מוקד לתיירות אקולוגית, כאשר אתרי צלילה ברחבי העולם מציעים מפגשים עם המין. בחלק מהאזורים, תיירות זו הפכה למקור פרנסה משמעותי, המספק חלופה בת-קיימא לדיג ותורם לשימור המין.

באילת מדווחים בממוצע חמישה מפגשים מצולמים עם מנטה ענק כל שנה, ובכל פעם התצפית גורמת להתרגשות רבה ולהשתאות, על אף שאינו מהמינים הכי נדירים באילת.

ב2022 מציל בחוף הצפוני זיהה מנטה צעירה שוחה קרוב לחוף, כמטר רוחב. זוהי תצפית ייחודית כיוון שבים סוף לא ידועים דיווחים על פרטים צעירים.