מחבטן הספירים נע באמצעות תנועות גליות של סנפירי החזה ופעיל במיוחד בזמן הגאות, כשהוא עובר למים רדודים כדי לחפש מזון. בשפל הוא נוהג להסתתר בנקיקים שבשוניות האלמוגים, כאשר לעיתים קרובות זנבו הבולט מסגיר את מיקומו. הוא משתמש במערכת האלקטרורצפטורים שלו, הכוללת את אמפולות לורנציני, לאיתור טרף באמצעות שדות חשמליים, ולעיתים גם לזיהוי בני מינו. הוא נצפה לרוב לבדו או בקבוצות קטנות. כאשר הוא מאוים, הוא משתמש בקוצים הארסיים שעל זנבו להגנה. בקיץ נצפים לאורך החוף באילת פרטים קטנים במי אפסיים, וייתכן כי אלו פרטים צעירים המחפשים הגנה מטורפים במים המאוד רדודים.

פרוייקט ספוטד של עמותת "כרישים בישראל" התרכז במין זה על מנת לזהות פרטים באוכלוסייה ולעקוב אחרי תנועתם והתנהגות של המין. נמצא כי מחבטני ספירים אינם משנים כמעט את מיקומם. כל אחד מה35 פרטים שזוהו נצפו אך ורק באתר יחיד לאורך כל שנות המעקב (7 שנים במקסימום נכון ליום כתיבת המדריך).